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对于北方的侵扰都没有力量去应付，导致后赵在王敦之乱期间，夺取了东晋兖州、徐州和豫州的大片土地。
苏峻凭著协力平定王敦之乱而有功获封赏，并且威望渐长，军事力量强大。
但同时，苏峻也骄傲自满，甚至有异心，最终导致了后来的苏峻之乱。
王敦势力被消灭，并未使司马氏的权力得到加强，，东晋政治依然是主弱臣强。
那些南北士族纷纷扩大了权力，填补王敦败亡之后政治上的空白，新的士族权臣间为扩大家族集团利益而争斗。
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苏峻、祖约之乱，起咸和二年冬，止咸和四年春，历时年余，影响深远。
苏峻之乱后，京邑灰烬，民物凋残。
众议咸谓起因于庾亮，庾亮不能自安，求出外镇自效。
于是，庾亮以豫州刺史出镇芜湖，以帝舅之尊，遥控朝政。
因而居内辅政的王导不能相安，导致庾、王两大士族的矛盾增加，延续十余年之久。
庾亮及后更曾打算起兵废掉王导，只因郗鉴反对而免却了一场士族斗争而生的动乱。
东晋建国后，内乱发自上游，朝廷唯赖淮阴、合肥为援，并不得心应手，建康动辄沦陷。
东土诸郡与建康的呼应和漕运接济，都因无适当的军事保障而难于稳定维持。
苏峻之乱中，郗鉴经营京口，使京口成为建康与东土联系的枢纽，才解决了这一问题。
郗鉴用京口、广陵流民建立一支支持建康、控制东土的具有战略意义的威慑力量，成为稳定江左政局的一个重要因素。
以后谢玄用之组成北府兵，刘裕因之驱桓玄而造宋，皆导源于此。
流民帅—苏峻、祖约叛乱，对东晋当政的门阀士族打击很大，教训极深。
此后，东晋至孝武帝时为止，士族内争在方式上有所顾忌，不敢轻动干戈，因而东晋得以免除内战达七十年之久。
苏峻及其党众在攻陷建康后大肆破坏宫殿，至宫阙毁坏，乱事结束后以建平园为宫，且物价飞涨。
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